Alineamiento de secuencias bioinformáticas en una arquitectura GRID

  • Simon Orozco-Arias Universidad de Caldas
  • Marcelo Herrera-González Universidad de Caldas
  • Leonardo Soto-Agudelo Universidad de Caldas
  • Gustavo Isaza-Echeverry Universidad de Caldas

Resumen

Las tecnologías de la computación de altas prestaciones se han convertido en herramientas muy útiles, empleadas por diferentes empresas o centros de investigación para la ejecución de procesos y análisis de datos masivos en tiempo real, convirtiéndose en necesidades básicas para la mayoría de los procesos investigativos. Sin embargo, uno de los principales objetivos que se buscan al utilizar este tipo de sistemas es el empleo del menor tiempo posible de ejecución de procesos y una mayor precisión en los resultados. En este artículo se dará a conocer de manera general una arquitectura que satisface esas necesidades, como es el caso de una Grid Computing. También se presentará qué factores influyen en ella, qué elementos se deben configurar y cómo es el rendimiento al ejecutar trabajos bioinformáticos en esta arquitectura. Para ello se ejecutarán alineamientos usando NCBIBlast en diferentes nodos de cómputo ubicados dispersos geográficamente, finalmente se evidencia el desempeño que se obtiene al finalizar las tareas

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Biografía del autor

Simon Orozco-Arias, Universidad de Caldas

Ingeniero en Sistemas y Computación
* Universidad de Caldas
Semillero HPC Universidad de Caldas - BIOS
Facultad de Ingeniería

Marcelo Herrera-González, Universidad de Caldas

M.Sc. en Mecatrónica y Control
Docente Departamento de Sistemas e Informática
Facultad de Ingeniería

Leonardo Soto-Agudelo, Universidad de Caldas

Semillero HPC Universidad de Caldas - BIOS
Facultad de Ingeniería

Gustavo Isaza-Echeverry, Universidad de Caldas

Docente Departamento de Sistemas e Informática
Facultad de Ingeniería

Citas

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Publicado
2017-10-11
Cómo citar
OROZCO-ARIAS, Simon et al. Alineamiento de secuencias bioinformáticas en una arquitectura GRID. REVISTA GTI, [S.l.], v. 15, n. 43, p. 37-45, oct. 2017. ISSN 2027-8330. Disponible en: <http://revistas.uis.edu.co/index.php/revistagti/article/view/6818>. Fecha de acceso: 21 oct. 2017
Sección
Artículos