Influencia del método de desparafinación y el tiempo de almacenamiento en la extracción de DNA a partir de tejidos de archivo

Resumen

RESUMEN 

Los tejidos fijados en formalina y embebidos en parafina son un material de incalculable valor para estudios retrospectivos que requieran aplicar el análisis molecular a muestras clínicas de archivo. Sin embargo, la extracción del DNA a partir de este material consume mucho tiempo y los reactivos usados pueden contribuir a su fragmentación y contaminación, dificultando de esta forma su uso para pruebas moleculares. En este trabajo se analizaron cuatro métodos de desparafinación y su efecto sobre la cantidad y calidad del DNA. Todos los métodos mostraron una alta fragmentación del DNA, con amplificación de fragmentos de tamaños menores a 200 pb. El método de microondas fue el único que permitió amplificación de fragmentos de mayor tamaño, además de presentar la ventaja de su simplicidad, poco tiempo de ejecución y bajo costo. El tiempo de almacenamiento influyó, obteniéndose amplificación en muestras de 6 años y no en muestras almacenadas por 10 años. 

Palabras claves: desparafinación, tejidos embebidos en parafina, reacción en cadena de la polimerasa, microondas. 

ABSTRACT 

Formaline-fixed and paraffin wax embedded tissues are an invaluable source for retrospectives molecular analysis with clinical correlation. However, DNA extraction from this type of material demands a prolonged time and the DNA is often highly fragmented and contaminated by protein agents, making it inadequate for molecular purposes. Four methods to deparaffinization are tested and compared the quality and quantity to DNA obtained. All techniques lead to DNA degradation but only short sequences can be amplified, less than 200 bases in all methods. The most efficient method uses a microwave to melt the wax. This method was quick, straighforward, cheaper and effective to amplify fragments the 450 pb. The time of storage influenced, with amplification to specimens of 6 years and not in samples stored 10 years.  

Key words: deparaffinization, paraffin-embedded tissues, polymerase chain reaction, microwave.